平穏な生活が戻ったグリーンヒルズで夜ごと勝手に街を守り続けているソニックの願いはただひとつ―「本当のヒーローになりたい！」。そんな折、再び世界に暗雲が立ち込める。ドクター・ロボトニックが銀河系で最も危険な戦士ナックルズを引き連れて帰ってきたのだった。彼らは、史上最強の破壊力を持つ武器【マスターエメラルド】の在処を探しており、なぜかソニックを執拗に狙うのだった。自慢のスピードで立ち向かうソニックだが、ナックルズの圧倒的パワーでねじ伏せられ、まるで歯が立たない。間一髪のところで味方のテイルスに救出されたソニックは、悪の手に落ちる前にマスターエメラルドを探す旅に出ることを決意する。 ソニック史上最大の危機を前に、世界の未来がソニックとテイルスに託された！
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